Provo a fare qualche ipotesi per rispondere alle tue domande.
1) Wake parla di un oceano invece che di lago ma in maniera metaforica, o meglio non si riferisce propriamente a un luogo fisico. Per chi ha letto Lovecraft o magari Conrad credo sia più facilmente intuibile. Il lago è il luogo dell'oscurità, ma l'oscurità è prima di tutto un luogo dell'anima, una dimensione, appunto non un luogo fisico, ed è per questo che wake dice che non è un lago ma un oceano... Si riferisce alla dimensione dell'oscurità, che è infinita, come un pozzo senza fondo, come gli oscuri abissi dello spazio in Lovecraft. Come dire che l'oscurità è talmente vasta da non essere quantificabile...
2) Non è che i personaggi da te citati non esistano più... Sec me la trama di questo gioco è molto raffinata per come lascia tutto in sospeso, tutto un po' aperto. Ci sono più piani che convivono e che non sono per forza reali, è come ci fossero più universi paralleli che procedono in sincrono. Alan è davvero sotto al lago fisicamente? Oppure è solo dentro la dimensione dell'oscurità? Alan scrivendo riscrive il passato in modo che vada tutto diversamente (e infatti Alice alla fine emerge dal lago subito e non vi rimane), ma questo ha un prezzo. E' proprio Wake che parla del prezzo che occorre pagare per salvare Alice; si devono bilanciare oscurità e luce, altrimenti il racconto non funziona. Così per salvare Alice è costretto a restare dentro l'oscurità, in una sorta di dimensione parallela. Poi da ultimo dice che occorrerà del tempo per riuscire ad arrivare in fondo all'avventura. E' un lungo viaggio dentro l'oscurità che Alan deve fare per poter riuscire ad uscirne fuori e riunirsi alla moglie. Si può pensare che forse quello che succederà nei prossimi episodi sarà quello che Alan Wake ha deciso di scrivere stando là sotto.